在牛津大学学习心理学后,特工福克斯·穆德被调查局雇用。当他的事业一帆风顺的时候,他突然把所有的精力都转向了超自然事件。在一次催眠过程中,他回忆起失踪多年的妹妹萨曼莎在他们还是孩子的时候被一股未知的力量带走。从此,他被X档案中隐藏的真相迷住了,开始全心全意地调查。 特工丹娜·斯库利不仅是一个有专业技能的医学博士,还是一个坚定的理性主义者,他相信每一个X档案案件的背后都会有一个合理的科学解释。 但在X档案工作期间,她看到了很多科学或逻辑无法解释的事情。她的信念受到了考验,她逐渐开始相信外星生命的存在。